Первая выкопка сеянцев на третьем году. Рост и развитие сеянцев на третьем году происходят так же, как у сеянцев второго года, вегетация начинается и заканчивается примерно в те же сроки. Уход за сеянцами второго и третьего года одинаковый. Растения так же рыхлят, в те же сроки и в такой же дозировке подкармливают и поливают. К концу вегетации третьего года средняя масса луковиц достигает от 130 мг у тюльпана ложнодвухцветкового до 1,3 г у тюльпана Кауфмана. Максимальная масса луковиц у некоторых сеянцев тюльпанов Кауфмана, Грейга, Микели, Альберта и некоторых других достигает Зги более. Глубина залегания луковиц колеблется от 12 до 25 см.

На третий год приступают к первой выкопке луковиц. Начинать ее следует с видов, первыми заканчивающих вегетацию. У некоторых видов столон углубления после отмирания сохраняется в почве, например у тюльпана Грейга. У других видов (тюльпан Фостера и др.) едва только столон углубления перестает функционировать, как сразу же начинает разрушаться. Практически это происходит до полного завершения вегетации. Поэтому у тюльпана Фостера и похожих на него видов к выкопке приступают при пожелтении краев листовой пластинки. Задержка с выкопкой может привести к потере значительного количества луковиц — до 30 % и более.
Особое внимание следует уделить сеянцам тех форм тюльпана Фостера, которые имеют изогнутые столоны,— выкопка их наиболее трудна и трудоемка. Покровная чешуя луковиц, образовавшихся на столонах, обычно более толстая и прочная, чем у луковиц, образовавшихся в чешуях старой луковицы. В то же время покровная чешуя у них обычно шероховатая снаружи, особенно у тюльпана Грейга. К такой чешуе хорошо прилипают мелкие почвенные частицы, что также затрудняет выкопку.
До завершения вегетации приступают к выкопке лишь у некоторых видов, большинство видов лучше выкапывать, когда листья полностью пожелтеют,— масса луковиц в этом случае бывает наибольшей. Выкопка может растянуться, и надземная часть сеянцев теряет связь с луковицей, что также затрудняет выкопку. В таком случае намного легче копать сеянцы на грядах, где ряды строго прямолинейны, а ширина междурядий известна и везде одинакова. Все же часть луковиц теряется; меньше у тюльпанов Грейга и Альберта, больше у тюльпана Фостера. Для того чтобы на следующий год выкопать ценные потерявшиеся луковицы или уничтожить не представляющие ценности, место, где росли сеянцы, под посадку и не занимают. Весной следующего года до того, как на столонах начнут формироваться луковицы, ненужные растения выкапывают. Если растения ценные, выкопку проводят тщательно до окончания вегетации. Следует помнить, что даже при самой тщательной выкопке часть луковиц все же может быть потеряна.
Если выкопка производится в жаркую солнечную погоду, выкопанные луковицы защищают от солнца. Луковицы, оставленные на солнце, быстро перегреваются, растения из этих луковиц будут на следующий год ослабленными. Мелкие и долго пролежавшие па солнце луковицы могут погибнуть.