При семенном размножении облепихи из-за ее биологических особенностей в первом же поколении хозяйственно-ценные признаки материнских растений, ради которых был произведен их отбор, теряются. Кроме того, как показывает практика, в большинстве случаев при семенном способе размножения получается примерно 50—70% мужских растений, которые до вступления в период плодоношения ни по каким признакам различить нельзя, поэтому закладывать промышленные плантации саженцами семенного происхождения не рекомендуется. Семенной способ размножения применяют в основном для получения саженцев, используемых в селекционно-интродукционных, лесомелиоративных, лесозащитных, декоративных целях, а также для получения подвоев и в других целях. Сочетая размножение семенами, полученными от свободного опыления или от гибридизации, с последующим индивидуальным отбором по продуктивности и другим полезным признакам в течение второго поколения, многие селекционеры и садоводы-любители добились хороших успехов: получили высокоурожайные и высоковитаминные сеянцы облепихи, не уступающие по многим показателям районированным сортам.
Семена заготавливают с отборных здоровых кустов, отличающихся высокой продуктивностью и устойчивостью к неблагоприятным условиям погоды, вредителям и болезням. Свежесобранные плоды протирают любым способом, промывают несколько раз водой для отделения сока и мякоти, подсушивают в тени до сыпучего состояния и окончательно отделяют от высушенной мякоти и кожицы плодов.
Отсортированные семена для длительного хранения помещают в бумажные пакеты и хранят в сухом помещении (можно и в неотапливаемом). После 3 лет хранения всхожесть их постепенно снижается. В сырых помещениях семена быстро теряют всхожесть, энергию прорастания и становятся непригодными для посева.
Масса семян сильно колеблется в зависимости от эколого-географического происхождения и внутрипопуляционной изменчивости. Обычно абсолютная масса 1000 семян в воздушно-сухом состоянии — от 5—7 до 18—20 г. Из 1 кг плодов западных и восточносибирских тюпуляций получают от 30 до 100 г семян, т. е. 3—10% от массы свежих плодов. В 1 кг сухих семян содержится: сибирских образцов 60—70 тыс. шт. семян, крупноплодных сибирских образцов 42—45, среднеазиатских 140—190, закавказских 100—120, северокавказских 60—65 и западноевропейских 80—90 тыс. шт. семян.
Окраска семян зависит от количества дубильных веществ и темноокрашенных пигментов в семенных покровах. Обычная окраска семян от серовато-бурой до темно-коричневой, почти черной. Семена блестящие, имеют продольный шов на семенной кожуре; длина семян 4—7 мм, ширина 2,5—3,5 мм, толщина 1,6— 2,2 мм. По форме семена продолговато-округлые, в поперечном сечении эллипсовидные. Зародыш вместе с эндоспермом находится в плотной кожистой семенной кожуре сложного анатомического строения. Кожура у семян выполняет защитные функции, поверхность ее гладкая и блестящая.
Семена облепихи можно высевать глубокой осенью или ранней весной; высеянные ранней осенью, они могут прорасти и погибнуть. При сухой весне и жарком лете обязателен полив — без него будут плохие и поздние всходы. Например, сухое и жаркое лето 1975 г. не способствовало появлению всходов семян облепихи в полевых условиях в Подмосковье. Несмотря на высокую энергию прорастания семян, большая часть не взошла из-за сухости и крепости корочки почвы над посеянными семенами.