При засыпании отдельных растений или в целом куртины различного рода наносами (сыпучими песками, паводковыми отложениями, в культуре — мульчирующими материалами и т.п.) наблюдается образование второго яруса горизонтальных придаточных корней на стеблевых осях, засыпанных землей. Одновременно засыпанный и глубже расположенный первый ярус корней становится малоактивным и часто отмирает, а его функции выполняет второй, расположенный выше ярус корней. Такая важная биологическая особенность облепихи к формированию двух- и даже трехъярусной корневой системы является характерным признаком, который следует учитывать при введении этой породы в промышленную культуру. Способность растений облепихи к формированию нескольких ярусов горизонтальных придаточных корней четко проявляется у возрастно-молодых корнеотпрысков и сеянцев [20].
В естественных условиях роста растений облепихи корневые отпрыски, возникающие на горизонтальных корнях материнского растения, образуют свою вышерасположенную придаточную корневую систему, однако связи с материнскими растениями, как правило, не теряют.
Важной биологической особенностью корневой системы облепихи, присущей всему семейству лоховых (облепихе, лоху и шефердии), является ее способность фиксировать атмосферный молекулярный азот. В семействе лоховых у всех видов имеется микориза, развивающаяся в виде коралловых или клубеньковых образований. В настоящее время многими исследованиями убедительно доказана азотофиксирующая роль клубеньков у облепихи.
Морфологически клубеньковые образования на корнях облепихи на разных фазах развития представляют собой округлые желтовато-белые коралловидные выросты или утолщения различной величины. Сильно растущие корни первичного анатомического строения (ростовые корни) клубеньков, как правило, не имеют, они формируются обычно на боковых корнях, выполняющих функции поглощения воды и элементов минерального питания.
Возможно, помимо фиксации молекулярного азота воздуха клубеньковые образования выполняют функции поглощения, минерализации органических веществ почвы, перевода трудно растворимых минеральных и органических соединений в усвояемые формы, а микроорганизмы, симбиотически связанные с растениями облепихи, снабжают, вероятно, растение аминокислотами и фитогормонами, а также участвуют во внутриклеточных метаболических процессах. Поэтому микотрофный тип питания облепихи следует учитывать, особенно при введении ее в культуру на вновь осваиваемых территориях.

Корневая система облепихи имеет выраженные гидроморфные черты (шнуровидные скелетные и полускелетные корни, слабое развитие механических тканей, высокий относительный объем коровой паренхимы и т.д.), что позволяет по этому признаку отнести эту породу к типичным мезофитам и даже к мезогидрофитам. Действительно, корневая система способна переносить избыточное увлажнение почвы и даже длительные периоды затопления, что и определило преимущественное распространение облепихи в поймах рек при высоком, как правило, стоянии проточных грунтовых вод. Однако облепиха .не переносит избыточно засоленных и стоячих грунтовых вод.