Описывать колонии следует всегда с одной и той же питательной среды. При описании колонии отмечают: ее цвет, величину (крупная, средняя, мелкая), форму (выпуклая, плоская и т. п.), консистенцию (слизистая, пастообразная), блеск, прозрачность и замеченные характерные особенности.
Определение вида нельзя начинать, пока не будет уверенности в абсолютной чистоте культуры. Поэтому из отдельных выросших на чашках колоний делают пересев в пробирки на поверхность скошенного агара. После появления роста культуру вновь рассевают на чашки. Если при этом вырастают однородные колонии, то культуру можно считать чистой. Если же вырастают 2—3 вида колоний и больше, то вновь отсевают на косой агар из одной колонии и снова повторяют посев для проверки чистоты культуры.
Для удобства работы по идентификации культур целесообразно принять единый принцип описания и изучения микроорганизмов. Так, при описании внешнего вида колоний следует производить посевы на одну и ту же питательную среду, так как известно, что вид колоний при выращивании культур на разных средах может резко различаться. Например, у Ps. herbicola на синтетической среде с глюкозой и азотнокислым калием колонии очень слизистые, со светло-желтой серединой и водянистым краем, а на мясопептонном агаре они плоские, желтые, пастообразные и т. д.
При описании признаков и физиологических свойств микроорганизмов желательно придерживаться определенной последовательности: сначала охарактеризовать внешний вид колоний, затем морфологию культур и после этого — свойства, проявляющиеся на средах с разными источниками углерода и азота. При изучении морфологии культур следует обращать внимание на такие признаки, как наличие спор, форма и величина клеток, окраска по Граму, число и расположение жгутиков.
Изучение морфологических признаков является одним из первых этапов при идентификации культур и начинается с просмотра живых, неокрашенных препаратов под микроскопом обычно с фазово-контрастным устройством. Такой просмотр позволяет установить у них подвижность, наличие спор, характерное для микобактерии ветвление или расположение клеток, их размер. Кроме того, такой просмотр дает возможность отобрать микрококки, микрококки, дрожжи и проактиномицеты.
Для просмотра под микроскопом необходимо использовать свежие культуры. Чтобы получать сравнимые результаты, обычно работают с культурами определенного возраста. Все культуры просматривают под микроскопом 2 раза — молодые (1—3-суточные культуры) и стареющие (7—10-суточные). Это позволяет отделить микобактерии, установить их морфологические особенности во вторую стадию развития (без чего их правильная идентификация невозможна), а также обнаружить образование спор у споровых видов. Только при таком двухступенчатом изучении морфологии культур возможно отличить некоторые микобактерии, имеющие клетки в виде палочек, от бактерий (например, Мус. globiforme) или микобактерии от микрококков (например, Мус. brevi-cale). Для измерения величины клеток в окуляр микроскопа вставляют окулярную линеечку (окуляр-микрометр) и, зная размер одного ее деления (выраженный в микронах), измеряют величину каждой клетки.