Групповой состав микрофлоры на корнях непостоянен, он зависит как от вносимых удобрений, так и от почвенно-климатических условий выращивания растений. Группа денитрифицирующих бактерий особенно активизируется при обильном снабжении растений нитратным азотом, затрудненной аэрации (например, при несвоевременном рыхлении почвы), переувлажнении почвы, глубокой заделке удобрений.

Рис. 9. Количество микроорганизмов в почве, на живых корнях и на мертвых корнях пшеницы. и — аммонифицирующие, б — денитрифицирующие, в — маслянокислые, а — радиобактер, д — целлюлозоразлагающие, е — грибы, ж — актиномицеты; 1 — фаза кущения пшеницы, 2 — фаза выхода в трубку, 3 — фаза колошения, 4 — фаза созревания; на оси ординат количество микроорганизмов (в случае а — в млн., в случаях б — эк — в тыс.).
Это подтверждается, например, результатами опытов, полученными М. Н. Язвицким: при ежегодной подкормке яблони Осеннее полосатое аммиачной селитрой прибавки урожая яблок не наблюдалось (табл. 16).

Таблица 16
Из практики садоводства известно, что подкормка яблонь азотом в большинстве случаев приводит к повышению урожая, однако в опыте М. Н. Язвицкого почвенно-микробиологические условия сложились таким образом, что положительного эффекта от дополнительного внесения азотистых удобрений получено не было.
Причина такого явления заключалась в том, что в варианте с ежегодным внесением аммиачной селитры усилился процесс денитрификации. Это подтвердили микробиологические анализы, которые показали, что денитрифицирующих бактерий в варианте с ежегодным внесением аммиачной селитры было значительно больше, чем в варианте без нее.
Количество денитрификаторов, способных восстанавливать нитраты до свободного газообразного состояния, учитывали в 2 срока — в период цветения яблони в июне и в период ее плодоношения в октябре. Эти сроки соответствуют наиболее интенсивному росту корневых систем яблонь в условиях Подмосковья. Было обнаружено, что количество денитрифицирующих бактерий в варианте II, без дополнительного внесения селитры, составляло 0,6—1,0 тыс. на 1 г прикорневой почвы, взятой на глубине 15—20 см, в то время как в варианте III, при ежегодной подкормке яблонь азотом, их количество возросло до 120—250 тыс. в 1 г. Возможно, что аммиачный азот селитры также не полностью использовался растением потому, что в связи с общим ходом биологических процессов в ризосфере он окислялся нитрифицирующими бактериями до нитратов, которые затем могли также частично восстанавливаться. Действительно, было установлено, что способность почвы к нитратонакоплению, определенная по Ваксману (добавление 1 мг сернокислого аммония на каждый грамм почвы и выдерживание в течение двух недель в условиях оптимальной влажности и температуры), была значительно выше в варианте III, в котором вносилась аммиачная селитра (397 мг против 62 мг на 100 г почвы в контроле).
Зная условия, при которых денитрифицирующие бактерии восстанавливают нитраты до газообразного азота особенно активно, можно в какой-то степени влиять на их жизнедеятельность.
Накопление в ризосфере вредных микроорганизмов. Это явление чаще всего происходит при длительных бессменных посевах одного вида растения (монокультуре) . При этом в одних случаях наступает так называемое почвоутомление, а в других — концентрирование фитопатогенных видов, приспособленных к паразитированию на определенных растениях.