Говоря об общности условий для развития микроорганизмов на разных частях растений, нельзя забывать и о различиях, которые определяются тем, что корни растут в почве, а надземные органы — в атмосфере. Корневая система очень тесно соприкасается с почвой. В ней содержатся различные органические и неорганические вещества, токсические соединения, продукты обмена других живых существ — многочисленных микро- и микроорганизмов (бактерий, грибов, водорослей, простейших, червей, насекомых и др.) и, кроме того, почва обычно имеет довольно высокую влажность. Надземные органы растений в природной обстановке находятся совсем в иных условиях, чем корни: они больше подвержены влиянию климатических факторов, а также действию солнечной радиации. Именно это обстоятельство главным образом и послужило основанием для утверждения, что корневая микрофлора и микрофлора филлосферы не могут иметь между собой ничего общего.
Подробное изучение видового состава микрофлоры корней и филлосферы позволило сравнить ее между собой. Культуры для идентификации выделяли с разных видов и частей растений (подземных и надземных органов) того же растения. Оказалось, что 50 видов микроорганизмов часто обнаруживаются как на корнях, так и на надземных органах. Вместе с тем более детальное рассмотрение этого вопроса показало, что одни виды чаще обнаруживаются на корнях, другие — на листьях.
Изучение приспособленности микроорганизмов жить и размножаться на тех или иных органах растений показало, что каждый из 50 видов, общих для корней и филлосферы, независимо от части растения, с которой он выделен, был способен переходить с семян на корни и листья двухнедельных проростков ржи и размножаться на них в условиях микровегетационного опыта.
У микроорганизмов, обнаруженных только на корнях или только в филлосфере, в большинстве случаев наблюдалась большая приспособленность к существованию соответственно либо на корнях, либо на листьях (табл. 6).

Таблица 6
Несмотря на то, что большинство видов эпифитных микроорганизмов являются общими для подземных и надземных органов растений, между микробным населением корней и филлосферы имеются некоторые различия. В первую очередь обращает на себя внимание значительная разница в количестве микроорганизмов на разных частях растения. Эта разница становится заметной уже с самого начала роста растения, причем количество микроорганизмов на корнях всегда превышает их количество на надземных органах. При анализе проростков ячменя на корнях нами обнаружено 2 940 тыс. бактерий, а на надземных частях — 925 тыс. в 1 г сырой массы. Аналогичные данные получены Д. Я. Креслинь (1964). Сравнительное определение количества микроорганизмов на разных частях растений ржи, проведенное на среде № 19, показало, что их соотношение на корнях, листьях, цветках и семенах составляет примерно 1500: 14:9: 1.
При учете численности микроорганизмов, входящих в разные физиологические .группы, на корнях и листьях пшеницы и черной смородины были также выявлены значительные количественные различия (табл. 7).

Таблица 7
Приведенные результаты показывают, что количество микроорганизмов на корнях значительно больше, чем на надземных органах. Если на корнях они исчисляются миллионами, то на надземных органах — тысячами. Эта разница, так же как и общее количество микроорганизмов, колеблется в значительных пределах в зависимости от вида растения и условий внешней среды. Поэтому естественно, что цифры, приведенные в табл. 7, можно рассматривать только как примерные, относящиеся к индивидуальным анализам, хотя и отражающим общую закономерность.
Различаются комплексы микрофлоры корней и филлосферы не только количественным, по и качественным составом видов. Качественный состав характеризуется как присутствием различных видов микроорганизмов, так и их соотношением. На корнях могут преобладать одни виды, а на надземных органах — другие. Видовой состав корневой микрофлоры гораздо разнообразнее микрофлоры филлосферы.