Сравнивая данные по способности разных микроорганизмов переходить с семян на листья и корни проростков, можно отметить, что заселение ими поверхности растения зависит как от свойств культуры, так и от присутствия других микробов-конкурентов. Таким образом, наличие микробов-антагонистов в почве или на семенах при их прорастании является существенным фактором, влияющим на состав популяций корневой микрофлоры.
Общность и различия в составе микрофлоры корней и надземных органов растений. По новым представлениям корневые микроорганизмы являются эпифитами.
До последнего времени под термином «эпифитные микроорганизмы» подразумевались только те, которые населяют надземные части растений, т. е- филлосферу. Считалось, что группа эпифитных микроорганизмов по своему составу и свойствам отлична от корневой и Что корневые микроорганизмы ближе стоят к тем, которые в обилии размножаются в прикорневом и ризосферном слоях почвы, обогащенных питательными веществами корневых выделений. Однако название «эпифиты» (эпи — поверхность, фито — растение) указывает на то, что речь идет об организмах, живущих на поверхности здорового растения. В связи с этим следует принять во внимание, что поверхность корня также является частью общей поверхности растения, и именно поэтому вполне вероятно, что на корнях могут обитать те же виды микроорганизмов, которые встречаются на поверхности надземных органов. Это определяется и тем, что состав питательных веществ в выделениях корней и надземных органов, за счет которых размножаются микроорганизмы, очень близок — и те, и другие содержат набор аминокислот, сахара (глюкозу, фруктозу и др.) и минеральные соли. Установлено, что набор аминокислот в стеблях и корнях подсолнечника одинаков и включает следующие из них: оксипролин, лизин, гистидин, аргинин, аспарагиновую кислоту, серии, треонин, аланин, пролин,в меньших количествах —валин, метионин, фенилаланин и лейцин. Из Сахаров как в стеблях, так и в корнях подсолнечника обнаружены глюкозы, фруктоза и сахароза. В прорастающих семенах его — набор из 16 аминокислот.
Болгарские ученые К. Д. Стоев, П. Т. Мамаров и И. В. Бенчев (1959), применяя хроматографический метод исследования, изучили состав углеводов и аминокислот в разных органах виноградной лозы у различных сортов винограда. В результате изучения состава пасоки никакой специфичности в аминокислотном наборе для отдельных органов виноградной лозы авторам установить не удалось. Общими для всех частей виноградной лозы были аминокислоты: гистидин, аспарагиновая и глютаминовая, изолейцин, норвалин, тирозин, аланин, треонин и аминомасляная. У разных сортов винограда набор аминокислот был одинаков. Некоторые изменения наблюдались в, разные периоды вегетации, но такие аминокислоты, как аспарагиновая и глютаминовая, валин, изолейцин и лизин, обнаруживались в течение всего вегетационного периода.
Кроме состава питательных веществ, на размножение микроорганизмов на поверхности корней влияют выделяемые корнями растений фитонциды. Эпифитные микроорганизмы более устойчивы к фитонцидам, чем многие почвенные, поэтому наличие в зоне корней бактерицидных веществ не препятствует их размножению.