Судя по литературным данным, те же самые микроорганизмы найдены другими исследователями на корнях тех же видов растений, но взятых в других условиях, а также на корнях картофеля, сои, кок-сагыза, клевера, хлопчатника (М. В. Федоров и В. Ф. Непомилуев, 1954; Т. Е. Попова, 1957; М. Б. Петренко, 1958 и др.).
В настоящее время можно считать доказанным, что разные виды микроорганизмов присутствуют на корнях растений (так же как и в филлосфере) в различных количественных соотношениях, причем эти соотношения зависят не только от вида растений, но и от источников микрофлоры (семена, почва) и почвенных условий, в которых произрастает данное растение.
Количество микроорганизмов и соотношение видов на корнях одного и того же растения непостоянно и меняется в течение вегетационного периода по фазам развития растений, а также зависит от влажности почвы, вносимых удобрений, освещенности растений и т. п. Последнее объясняется тем, что состав корневых выделений, которыми питаются микроорганизмы и за счет которых они размножаются на корнях, непостоянен у одного и того же вида растения как в разные фазы его развития, так и при различных условиях культивирования. Особенности почвы, удобрение, температура, освещение и прочее — все эти факторы влияют на характер обмена веществ растения, а следовательно, и на состав его корневых выделений.
Между тем на основании результатов, полученных ранее при изучении корневой микрофлоры в опытах с водными или песчаными культурами, долгое время считалось, что у каждого вида растения на корнях формируется специфический для него комплекс микроорганизмов. Исходя из этих данных, появилась теория, основанная на том, что каждый вид растения или группа видов связаны с соответствующей им специфической микрофлорой и без такой взаимосвязи растения не могут нормально усваивать питательные вещества из почвы. На этом основании была предложена система удобрения, одинаковая для всех растений и для всех почв нечерноземной полосы, так как главной задачей считалось создание оптимальных условий для размножения специфических ризосферных микроорганизмов. Однако до сего времени остался неподтвержденным факт, что каждому виду растений были присущи какие-либо особые виды микроорганизмов. Вероятнее, что в разных условиях на корнях отбираются виды из присутствовавших в почве или на семенах и что особенности почвы и удобрений оказывают на этот отбор существенное влияние (Я. П. Худяков, 1954; Л. М. Доросинский, 1954; Е. Н. Мишустин, 1957).
Действительно, было доказано, что при внесении удобрений изменяется состав и соотношение преобладающих видов корневых микроорганизмов. Очень тщательно проведенные с методической точки зрения опыты Кауната (Н. Kaunat, 1963) по этому вопросу привели его к выводу, что на формирование микробных корневых комплексов в каждом конкретном случае оказывает влияние целый ряд факторов, зависящих от условий выращивания растений. Оказалось, что удобрения влияют на микрофлору как непосредственно, так и через посредство растения, т. е. через его корневые выделения (С. А. Самцевич и В. Н. Борисова, 1961).