При изучении видового состава микрофлоры поверхности корней, большинство исследователей группировали бактерии по внешнему виду колоний. Было показано, что в зоне ризосферы и на корнях обильно размножаются такие не споровые бактерии, как флюоресцирующие, типа радиобактера и микобактерии (G. Graf, 1930; Е. Ф. Березова и Е. X. Ремпе, 1950). Начиная с 1953 г., стали уделять больше внимания более детальной идентификации микроорганизмов, выделяемых с корней.
Подробные исследования корневой микрофлоры разных видов растений были проведены Ю. М. Возняков-ской и Г. К. Жильцовой (1958). Материалом для работы служили свежие корни отдельных экземпляров растений, которые тщательно отмывали от почвы, слегка растирали в ступке и энергично встряхивали в колбах с водой. Высев делали из 10-тысячного разведения на поверхность агаровой капустной среды (№ 19), разлитой в чашки Петри.
Исследовали корневую микрофлору следующих растений: кукурузы, пшеницы, овса, гречихи, подсолнечника, табака, свеклы, огурцов, яблони, сливы, вишни, крыжовника. Кукурузу и крыжовник изучали более подробно. С этих растений были выделены культуры из всех колоний, выросших на чашках. Методика проверки культур на чистоту и их идентификация были такие же, как и для микроорганизмов филлосферы. Для того чтобы выявить наибольшее разнообразие корневых микроорганизмов, корни кукурузы брали дополнительно с поля по разным фонам удобрений, а также на участках с хорошо окультуренной почвой и с супесчаной, удобренной смесью NPK+навоз (вегетационные опыты). Корни брали в Научно-исследовательском зональном институте садоводства нечерноземной полосы под Москвой на посадках яблони 9-летнего, а крыжовника, сливы и вишни — 4-летнего возраста. Корни остальных растений взяты со специально посеянных делянок: кукурузы — в период образования метелки, все остальные растения — в период цветения. Всего с корней различных растений выделены, подробно изучены и идентифицированы 434 культуры.
Полученные данные показали, что среди микроорганизмов, которые преобладают на корнях и из которых могут состоять бактериальные комплексы корневой микрофлоры разных растений, насчитывается 66 видов. Кроме того, выделены 62 разновидности этих видов. По родам они распределялись следующим образом: Pseudo-monas — 21, Bacterium — 6, Chromobacterium — 7, Mycobacterium— 12, Mycococcus — 2, Micrococcus — 4, Pseu-dobacterium — 4, Sarcina — 2, Promyxobacterium — 2, Azotomonas — 1, Lactobacterium—1, Bacillus — 2 и дрожжеподобные — 2. Совершенно очевидно, что не все виды микроорганизмов, которые могут жить на корнях, единовременно на них присутствуют.
Оказалось, что один и тот же вид микроорганизма может быть обнаружен на корнях самых различных растений. Так, например, Ps. fluorescens обнаруживали на корнях овса, пшеницы, кукурузы, гречихи, подсолнечника, вишни, яблони, сливы, крыжовника, Ps. chrysea — на корнях овса, пшеницы, гречихи, яблони, сливы, вишни, Bact. agile — на корнях овса, кукурузы, гречихи, огурцов, яблони, крыжовника, Chr. chlorinum — на корнях пшеницы, кукурузы, подсолнечника, свеклы, огурцов, вишни, Мус. album — на корнях пшеницы, кукурузы, свеклы, табака, вишни, сливы, Мус. rubrum — на корнях пшеницы, кукурузы, яблони, вишни и т. д. Можно с уверенностью сказать, что если проанализировать корневую систему не 12 видов, а гораздо большего числа видов растений, то те же самые микроорганизмы были бы найдены и на других растениях. Это подтверждается находками тех же видов микроорганизмов на корнях фасоли, лядвенца, тимофеевки, гороха, а также древесных растений — дуба, сосны и лавра благородного.