Во время мочки растений пектинразлагающие микроорганизмы попадают в мочильную жидкость вместе с другими эпифитными микроорганизмами с поверхности обрабатываемых растений и при благоприятных условиях водно-воздушного и температурного режимов размножаются в тканях коровой паренхимы растений. Пектиновые вещества служат для этой группы микроорганизмов источником углеродного питания, потребность в азотистых и других элементах пищи они удовлетворяют за счет экстрактивных веществ, имеющихся в мочильной жидкости.
Процесс мочки начинается с погружения стеблей в воду и создания оптимальных условий аэрации и температуры, необходимых для активирования деятельности микроорганизмов. В зависимости от этих условий все биологические способы получения волокна делятся на анаэробные, в том числе тепловые и холодноводные, и аэробные. К последним относятся мочка в реке и расстил. При расстиле на поверхности стеблей обильно размножаются различные микроорганизмы, но ведущей пектинразлагающей микрофлорой в этих условиях являются грибы, в частности эпифит Clostridium herbarum, а также Alternaria и др.
Видовой состав сопутствующей микрофлоры при тепловой анаэробной мочке почти не изучен. Не полностью установлено также и значение этих микроорганизмов для протекания основного процесса мочки. Известно, однако, что через 2—4 часа после замачивания соломы за счет экстрагирующихся из нее легкорастворимых питательных веществ начинается бурное развитие некоторых групп эпифитных микроорганизмов, которые в дальнейшем используют для своего питания также и продукты разложения пектина.
Сопутствующая микрофлора представлена в основном группами гнилостных бактерий, молочнокислых, маслянокислых и кишечной палочки. Особенно обильно размножаются молочнокислые бактерии, количество которых к концу мочки достигает десятков миллионов клеток в 1 мл жидкости. Вся эта микрофлора при своем развитии поглощает из среды кислород и накапливает в ней продукты своего синтеза, в частности физиологически активные вещества. Это создает более благоприятные условия для активного размножения пектинразрушающих микроорганизмов. В то же время в процессе жизнедеятельности микрофлоры мочильная жидкость сильно подкисляется. Поэтому рекомендуют иногда снижать вредную кислотность путем добавления нейтрализующих веществ — соды, мела, углекислого аммония, аммиака (А. Л. Бычковская, Л. П. Крутикова, 1962) или применять для этой цели аэробную регенерацию технологической жидкости (А. Л. Пескин, 1956).
При погружении соломы в воду, кроме питательных веществ, из нее экстрагируются токсические вещества типа дубильных, окрашивающих мочильную жидкость в коричневатый цвет. Эпифитная микрофлора приспособлена выносить повышенные концентрации фитонцидов, к которым по своей природе относятся и вышеуказанные экстрактивные вещества. Особенно высокие концентрации этих веществ накапливаются при вымачивании так называемой трудновымокаемой соломы. Они повышают кислотность жидкости, поэтому в практике часто рекомендуют частично сменять мочильную жидкость. При этом условия мочки резко улучшаются.
Не всегда в составе эпифитной микрофлоры льна и других волокнистых растений присутствуют в достаточном количестве активные виды пектинразлагающих бактерий. В связи с этим целесообразно, особенно после слива экстрактивных веществ, обогащать мочильную жидкость активными пектинразлагающими микроорганизмами, ускоряющими процесс мочки и повышающими выход и качество волокна.