Доказано, что при посеве почвенной болтушки на гуматные среды (кремнекислые пластинки с нанесенными на них а-гуматами кальция) при многократных последовательных пересевах вырастает ряд неспоровых микроорганизмов (Н. А. Мовчан, 1956). Из сероземных почв были выделены неспоровые микроорганизмы, способные разлагать гуминовую кислоту (М. Очилова, 1961). Почти все виды микроорганизмов (Ps. fluoresceins, Ps. herbicola, Bact. agile), перечисленные в работах H. А. Мовчан и М. Очиловой, входят в группировки, обнаруживаемые на растениях.
Источники эпифитных микроорганизмов, поселяющихся на растениях, не ограничиваются их круговоротом: почва — растение — семена — почва или почва — растительные остатки — почва. На листья многолетних растений, в том числе древесных и кустарниковых пород, микроорганизмы не могут попасть ни с семян, ни с корней из почвы. Одним из основных источников микроорганизмов на этих растениях являются зимующие почки. Из распускающихся почек весной микроорганизмы распространяются на молодые, растущие листочки. Если сделать микробиологический анализ почек, взятых с дерева в лесу в зимнее время, то окажется, что на их поверхности бактерий нет, зато во внутренних частях при исследовании вскрытых и растертых в воде почек обнаруживаются различные бактериальные и дрожжеподобные виды.
Исследованиями В. А. Тыриной (1958) показано, что почти у всех древесных пород как на севере, так и на юге наблюдается зимний рост почек. С 1 октября по 1 ноября изменения бывают мало заметны, в декабре — более существенны. В январе увеличивается объем всей почки, столбик пестика, в семяпочке намечаются контуры будущих камер. В течение февраля сильно увеличиваются все части цветка, усиливается дифференциация тканей. Микроорганизмы хорошо переносят низкие температуры. Попадая в почки осенью в момент их закладки, микроорганизмы находят там для себя условия для перезимовки.
На растениях обнаруживается некоторое количество микроорганизмов, которые не являются типичными представителями эпифитной микрофлоры. Например, исследователей интересовал вопрос о том, как попадают на ягоды винограда винные дрожжи. Применение специального метода исследования — выдерживание засеянных пробирок в атмосфере СОг — показало, что в пробах почв, взятых с виноградников, в 70—100% случаев присутствуют винные дрожжи, вызывающие брожение. Из почвы на ягоды эти дрожжи могут попадать разными путями; один из наиболее вероятных — перенос их насекомыми. Интересна работа Е. Sergent и Н. Rouge-bief (1926), которые предположили, что винные дрожжи переносятся на ягоды винограда мушкой дрозофилой. Для доказательства этого был поставлен специальный опыт, в котором одни виноградные кусты росли свободно, а другие были покрыты сеткой. Под сетку дрозофила проникнуть не могла, а пыль проникала. Созревшие ягоды срывали и помещали в пробирки со стерильным суслом. О наличии на ягодах дрожжей судили по брожению.
Оказалось, что в варианте с сеткой во всех 500 засеянных микроорганизмами с ягод пробирках брожение отсутствовало. В варианте, где мушка имела свободный доступ к ягодам, содержимое всех 420 контрольных пробирок бродило. Авторы предполагают, что между дрозофилой и дрожжами существует симбиоз: дрожжи находятся в кишечнике мушки, которая переносит их на ягоды, где они находят для себя наилучшие условия для размножения. В то же время дрожжи, размножаясь, служат пищей для личинок мушки.