Несмотря на то, что эпифитные микроорганизмы приспособились к жизни в присутствии летучих фитонцидов, нельзя забывать, что решающее значение при этом имеет концентрация бактерицидных веществ, вырабатываемых растениями. Именно благодаря этому фитонциды не утратили своего значения как фактор, ограничивающий размножение не только вредной, но и нормальной для растений микрофлоры. Токсичность корневого сока тоже имеет большое значение. У различных видов растений в разные периоды их развития токсичность не одинакова, причем в те сроки, когда токсичность высокая, количество бактерий на корнях резко снижается. Предполагается, что фитонциды могут регулировать взаимоотношения между микроорганизмами и растениями благодаря их способности задерживать размножение одних видов и стимулировать другие (Е. X. Ремпе, 1951; Т. А. Сорокина, 1960).
Замечено, что на поверхности хорошо развитых растений количество микроорганизмов обычно бывает меньше, чем на поверхности слабых растений. Это объясняется тем, что мощное растение вырабатывает больше различных бактерицидных и бактериостатических веществ (С. А. Самцевич, 1961; Г. И. Саникидзе, 1965)- В нормальных условиях роста, не приводящих к ослаблению растений, обеспечивается состояние так называемой буферности между растением-хозяином и населяющей его микрофлорой, которое обычно характерно для случаев раздельного симбиоза между организмами.
Поскольку на растениях присутствует ряд микроорганизмов, оказывающих влияние на различные стороны хозяйственной деятельности человека (получение волокна из лубоволокнистых растений, квашение капусты и проч.), вопрос об источниках эпифитной микрофлоры и ее распространении по поверхности растений интересовал исследователей с первого момента ее обнаружения. Уже Бурри, Дюггели, Велер (1903, 1904, 1929) наблюдали, что зеленые проростки, изолированные от окружающего воздуха, все равно заселяются микроорганизмами.
В настоящее время установлено, что характерным свойством эпифитной микрофлоры в отличие от не-эпифитной является ее способность переходить с семян на проростки, жить и размножаться на них. Учитывая эту особенность, нетрудно показать, откуда в основном микрофлора попадает на растения.

Рис. 3. Способ изучения способности
В первом случае источником микрофлоры могут быть только семена, во втором случае — только почва.
Подобные исследования проводились неоднократно и показали, что источником микрофлоры, поселяющейся на однолетних растениях, являются не только сами растения (их семена, растительные остатки), но также и почва.
Очевидно, значительная часть не споровой микрофлоры почвы может существовать не только за счет источников органических веществ, имеющихся в почве, но и за счет выделений растений на их поверхности, т. е. эпифитно. Это подтверждается следующим фактом: в почве, которая поддерживалась в состоянии чистого пара, куда в течение 47 лет не вносили никаких органических удобрений, присутствовали микроорганизмы, способные поселяться на корнях и зеленых частях проростков растений. Очевидно, в данном случае микроорганизмы, перешедшие на растения из почвы, существовали в ней за счет почвенного гумуса, так как никаких других источников органического вещества в почве не было. Уместно вспомнить, что клубеньковые бактерии, являющиеся, бесспорно, симбионтами растений, многие годы могут жить в почве, а затем при посеве соответствующих видов бобовых растений вновь внедряться в их корни и размножаться в клубеньках.