Все факты нахождения бактерий внутри растений (за исключением симбионтов) Е. Н. Мишустин объясняет тем, что исследователи имели дело с отмирающими тканями. Живое, здоровое растение обладает иммунитетом, который предохраняет его внутренние ткани от размножения в них бактерий.
Факторами внутреннего иммунитета растений (пассивного и активного) в настоящее время считают: 1) особенности строения покровных тканей; 2) функциональные факторы, например время открывания устьиц, характер прорастания семян; 3) химический состав клеточного сока — наличие в нем алкалоидов, фенолов, танинов, глюкозидов, фитонцидов, обладающих бактерицидными свойствами; 4) образование защитных некрозов; 5) образование антитоксинов; 6) фагоцитоз (М. В. Горленко, 1959). Два последних свойства появляются у растений после проникновения паразита внутрь органов.
По условиям своего существования эпифитная микрофлора непосредственно не соприкасается с внутренними частями растений и не попадает под влияние факторов внутреннего иммунитета растения. Однако фракции, выделяющиеся наружу через покровные ткани растений, содержат различные органические соединения, в том числе фитонциды. Наличие различных фитонцидов, летучих и нелетучих, присуще всем растениям (Б. П. Токин, 1952). Фитонциды являются важным фактором иммунитета и имеют различную химическую природу. К ним относятся алкалоиды, дубильные вещества, смоляные кислоты и др. Летучие фракции в основном представлены эфирными маслами, терпенами, глюкозидами, а также органическими кислотами и альдегидами. Обычно выделяется одновременно не одно, а несколько веществ, причем у разных растений они могут быть общими. Установлено, что к фитонцидам относятся некоторые соединения, образующиеся в качестве промежуточных продуктов при основных жизненных процессах, протекающих в растениях. Было, например, показано, что из растертых листьев выделяются альдегиды на протяжении 5—7 дней. Это указывало на непрерывность образования подобных веществ при ферментативных реакциях — окислительно-восстановительных превращениях кислот и спиртов (С. С. Скворцов, 1964).
Кроме веществ, образующихся в результате вторичных процессов, в клетках имеются некоторые соединения в готовом виде, выделяющиеся в естественных условиях через устьица, железки и эктодесмы покровных тканей. В числе таких веществ были обнаружены летучие органические кислоты (муравьиная, уксусная, пропионовая, масляная, изовалерьяновая, капроновая) и альдегиды.
Альдегиды выделяли из различных растений: уксусный и пропионовый — из плодов и листьев лука и из яблонь, масляный и изовалерьяновый — из лаванды, капроновый — из эвкалипта, каприловый и пеларгоновый — из плодов цитрусовых, лавровый — из смолы сосны и др. Из камбиального сока хвойных растений был выделен ряд веществ, обладающих антимикробной активностью. Ими оказались норпиновая и абиетиновая кислоты, а-пинен и цинеоловая кислота, называемая детеркуином (И. В. Указов, 1964).
Механизм действия многих фитонцидов одинаков и заключается в их влиянии на процессы обмена веществ, в которых участвуют функциональные сульфгидрильные группы ферментных белков. Было изучено влияние летучих фракций фитонцидов на активность ферментных систем микроорганизмов и установлено, что происходит их инактивация, приводившая к нарушению жизненных функций организмов.